Le Rwanda est divisé en deux grands bassins hydrographiques : le Nil à l'est, qui couvre 67 % des eaux nationales et le Congo à l'ouest, qui couvre 33 % et gère toutes les eaux nationales (Chemonics International Inc. 2003, MINITERE 2005, NBI 2005).

Ressources en eau du Rwanda par bassin versant Production de cartes : REMA Le réseau hydrologique du pays comprend de nombreux lacs et rivières ainsi que les zones humides associées. Un inventaire récent des marais du Rwanda réalisé en 2008 montre 2 860 marais, couvrant une superficie totale de 278 536 ha, ce qui correspond à 10,6 % de la surface du pays, 101 lacs couvrant 149 487 ha et 861 rivières d'une longueur totale de 6462 km (REMA 2008). Les principaux lacs sont le Kivu, Bulera, Ruhondo, Muhazi, Cyohoha, Sake, Kilimbi, Mirayi, Rumira, Kidogo, Mugesera, Nasho, Mpanga, Ihema, Mihindi, Rwampanga et Bisoke. Les principaux fleuves sont l'Akagera, l'Akanyaru, le Base, le Kagitumba, le Mukungwa, le Muvumba, le Nyabarongo et le Ruvubu dans le bassin du Nil et le Koko, le Rubyiro, le Ruhwa, le Rusizi et le Sebeya dans le bassin du Congo (Chemonics International Inc. 2003, Kabalisa 2006, NBI 2005).