Le Nyabarongo (ou Nyawarungu) est un fleuve majeur du Rwanda, qui fait partie du cours supérieur du Nil. Avec une longueur totale de 351 km (218 mi), c'est le plus long fleuve entièrement du Rwanda. Il s'étend sur 421 km (262 mi) dans le lac Rweru, y compris un cours supérieur de 69 km (43 mi) de la rivière Kagera avant de rejoindre la rivière Ruvuvu pour former la rivière Kagera. La rivière commence son cours au confluent des rivières Mbirurume et Mwogo dans le sud-ouest du pays. Ces deux rivières prennent leur source dans la forêt de Nyungwe et sont considérées par certains comme la source la plus éloignée du Nil. Depuis son origine, Nyabarongo coule vers le nord sur 85 km (53 miles) et forme la frontière entre les provinces de l'Ouest et du Sud. Au confluent avec la rivière Mukungwa, la rivière change de cours et coule vers l'est sur 12 km (7,5 miles), puis vers un cours plus sud-est sur les 200 derniers km (124 miles). Pendant la plus longue partie de ce cours, le fleuve sert de frontière entre les provinces du nord et du sud, puis entre la ville de Kigali et la province du sud, et enfin entre la ville de Kigali et la province de l'Est.

Le fleuve entre ensuite dans la province de l'Est et termine son cours près de la frontière avec le Burundi. La rivière Nyabarongo se jette à la fois dans le lac Rweru et dans la rivière Akagera, dans un delta petit mais complexe. La rivière Akagera prend sa source dans le lac Rweru, à seulement 1 km du delta du Nyabarongo. Presque toutes les branches du delta du Nyabarongo se déversent dans le lac, mais une branche du delta se jette directement dans la rivière Akagera qui vient de se former. La rivière Akagera finit par se jeter dans le lac Victoria et forme le Nil.