Les écosystèmes naturels du Rwanda (forêts, zones humides, rivières, lacs et autres terres riches en ressources naturelles) ainsi que la biodiversité qu'ils abritent ont été dégradés par la déforestation, les empiètements, l'expansion des activités agricoles, les établissements humains, le pâturage, l'exploitation forestière illégale et la production de charbon de bois. Les précédentes excisions de zones naturelles existantes telles que le parc national de l'Akagera pour la réinstallation des rapatriés ont considérablement réduit la superficie des écosystèmes naturels. Il est rapporté qu'entre 1960 et 2007, le Rwanda a perdu 65 % de son couvert forestier (SoE, 2015). Cela entraîne également une fragmentation de l'habitat. Les principaux moteurs en ont été la croissance démographique et la dépendance à l'égard des ressources naturelles pour les moyens de subsistance (SoE, 2015). Pour inverser cette tendance, le gouvernement s'est engagé à mettre en œuvre des mesures visant à protéger les écosystèmes naturels, à réduire leur dégradation et leur fragmentation de manière significative.